人、神、魔の住まう大地ミスタルシア。
今そこに、新たなる破滅の刻が訪れる。
突如ミスタルシアの空に現れた、巨大な天空の要塞。
そこから放たれた巨大な人型の怪物が、地上の人々を次々と喰らっていく。

そんなとき、騎士の前に現れるホムンクルスの少女・エヴァミア。

彼女はミスタルシアを救うため、ミスタルシアにいるホムンクスルたちの力を借りたいという。

騎士は彼女とともに、ミスタルシアを巡る旅をはじめる。