喧噪が無数に響き、無機質な建造物が立ち並ぶ地――東京。
二人の妹と共に平穏な日常を過ごしていた主人公は、ある日突然、異変に巻き込まれる。
人に取り憑き、感情を暴走させる怪物《ヴァイス》。
自らを「ミスタルシアから来た者」と名乗り、危機を助けてくれた少女・ジャンヌダルク。
ジャンヌは神の啓示により、双方の世界が混ざり合ったことで姿を消したミスタルシアの者たちを探していた。

ジャンヌに協力することになった主人公は、人々の危機を救いながら、様々な騒動を解決していく。
しかしその裏では、暗躍する影と、破滅の胎動が確かに刻まれていた。

やがて訪れる世界の危機に、主人公は立ち向かうことになる――。