新しい巡りを目前にしたミスタルシア。
そんな最中、サタンの復活を目論むメルコットによって、時の精霊であるパッセの杖が盗まれてしまう。

杖の力を使って過去のサタンを呼び出そうとするメルコットだったが、力の制御が利かずに暴走させてしまう。
その結果、別世界の時空と繋がり、一風変わった様相の剣士たちが召喚されてしまった。

ミスタルシアの地に降り立った上杉謙信は、乱れた世の空気を感じ取り、泰平するためにメルコットを連れて国獲りの準備を始める。
騎士とパッセは、もう一人の剣士・沖田総司と協力して、時の流れを正常に戻すため杖奪還に乗り出す。

時空と世界さえも越えた戦の幕が、今上がるのだった。